По итогам рейтинга образовательных организаций Санкт-Петербурга, реализующих образовательные программы среднего общего образования в 2015/2016 учебном году ГБОУ гимназия № 41 имени Эриха Кестнера была включена в состав 100 образовательных организаций, набравших наибольшее количество баллов по направлению управление образовательной организацией.